Trong giai đoạn này, toàn tỉnh có 21 dự án được Bộ Khoa học và Công nghệ phê duyệt với tổng kinh phí hơn 153 tỷ đồng. Trong đó, nguồn ngân sách Trung ương hỗ trợ trên 58 tỷ đồng, ngân sách địa phương đối ứng gần 8 tỷ đồng và vốn huy động khác hơn 86 tỷ đồng. Tổng kinh phí giải ngân đạt trên 152 tỷ đồng.

Kết quả triển khai cho thấy, 19/21 dự án đã hoàn thành và được nghiệm thu; 1 dự án phải dừng do ảnh hưởng dịch bệnh và 1 dự án chấm dứt hợp đồng. Thông qua các dự án, tỉnh đã tiếp nhận và làm chủ 100 quy trình công nghệ, xây dựng 68 mô hình ứng dụng hiệu quả; đào tạo 148 kỹ thuật viên cơ sở và tổ chức tập huấn cho khoảng 2.500 lượt người dân.

Thông qua các dự án, tỉnh đã tiếp nhận và làm chủ 100 quy trình công nghệ, xây dựng 68 mô hình ứng dụng hiệu quả

Các dự án được triển khai trên nhiều lĩnh vực như trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, công nghệ sinh học, chế biến, môi trường và lâm nghiệp, góp phần quan trọng trong phát triển kinh tế - xã hội của địa phương theo hướng tích cực.

Các Dự án ở mỗi lĩnh vực khác nhau đã đem lại hiệu quả kinh tế nhất định. Trong đó, mô hình nuôi cá lồng trên hồ Thác Bà giúp giảm khoảng 50% giá thành sản xuất cá giống, mang lại lợi nhuận trên 2,3 tỷ đồng; dự án chè Shan tạo nguồn thu 600 - 800 triệu đồng/năm và giải quyết việc làm cho hàng trăm lao động; mô hình sản xuất viên nén sinh học đạt công suất trên 39.000 tấn/năm, đóng góp tích cực vào ngân sách địa phương.

Mô hình nuôi cá lồng trên hồ Thác Bà giúp giảm khoảng 50% giá thành sản xuất cá giống, mang lại lợi nhuận trên 2,3 tỷ đồng

Không chỉ mang lại hiệu quả kinh tế, chương trình còn tạo chuyển biến về xã hội khi góp phần thay đổi nhận thức, tập quán sản xuất của người dân, thúc đẩy ứng dụng khoa học công nghệ vào sản xuất và xây dựng nông thôn mới. Bên cạnh đó, nhiều mô hình đã góp phần bảo vệ môi trường thông qua xử lý rác thải, tận dụng phụ phẩm nông - lâm nghiệp, giảm phát thải khí nhà kính và sử dụng hiệu quả tài nguyên nước, như: Dự án "Ứng dụng tiến bộ kỹ thuật sản xuất phân hữu cơ vi sinh từ rác thải sinh hoạt và phế thải nông nghiệp tại thành phố Yên Bái, tỉnh Yên Bái" đã ứng dụng công nghệ sản xuất phân hữu cơ vi sinh từ rác thải sinh hoạt và phế thải nông nghiệp với quy mô xử lý 10 tấn rác/ngày. Việc này giúp giảm lượng rác thải phải chôn lấp hoặc đốt bỏ, từ đó giảm ô nhiễm đất, nước và không khí; Dự án sản xuất viên nén gỗ đã tận dụng triệt để mùn cưa, vỏ cây và phế phẩm từ ván bóc (đầu thừa, mép lỗi) để làm nguyên liệu, không chỉ tạo ra giá trị kinh tế mà còn giảm thiểu áp lực xử lý rác thải công nghiệp gỗ ra môi trường; các dự án chăn nuôi dê và gia súc lớn đã triển khai hệ thống đệm lót sinh học và Biogas để xử lý chất thải, giúp triệt tiêu mùi hôi và ngăn chặn chất thải chăn nuôi xả trực tiếp ra môi trường xung quanh. Các dự án triển khai tại vùng cao đã giúp đồng bào dân tộc thiểu số ổn định sản xuất tại chỗ, từ đó hạn chế tình trạng du canh du cư và phá rừng làm nương rẫy.

Các dự án cũng thúc đẩy liên kết sản xuất theo chuỗi giá trị, góp phần nâng cao năng lực tổ chức sản xuất, hình thành mạng lưới liên kết giữa doanh nghiệp, nhà khoa học và người dân, từng bước xây dựng thương hiệu sản phẩm địa phương, như: dự án Chè Shan (Trạm Tấu) và Dược liệu (Lào Cai); cá tầm hồ Thác Bà, rau xứ lạnh Sa Pa, dâu tây Bắc Hà...tạo nền tảng cho phát triển nông nghiệp bền vững tại địa phương.

Việc thực hiện chương trình trong giai đoạn 2016 - 2025 đã góp phần quan trọng vào chuyển dịch cơ cấu kinh tế nông thôn, nâng cao đời sống người dân và thúc đẩy xây dựng nông thôn mới trên địa bàn tỉnh.